Jugoslavian raa´at hajoamissodat huipentuivat kosovolaisten ahdinkoon ja Naton Jugoslaviaan kohdistamiin pommituksiin keväällä 1999. Serbijoukkojen vainoissa yli miljoona Kosovon 1,8 miljoonasta asukkaasta oli pakolaisina tai kodittomina Kosovon rajojen sisäpuolella.
Pakolaisia lennätettiin Turkkiin ja Euroopan köyhin maa Albania otti heitä vastaan. Rajojen sulkeminen ei ratkaise ongelmaa, sanoi Albanian ulkoministeri Paskal Milo. Kosovon ja Makedonian rajalla oli arviolta 65 000 pakolaista, joita ei päästetty Makedoniaan.
Naton ilmasota Jugoslaviaa vastaan käynnistyi maaliskuussa 1999. Tätä perusteltiin humanitaarisen katastrofin välttämisellä.
Naton johtajille etnisen puhdistuksen kiihtyminen pommitusten seurauksena näytti tulevan yllätyksenä. Pakolaisaaltoon ei osattu varautua.
Kriisi johti myös nokkapokkaan Suomen ja Ruotsin välillä. Ruotsin pääministeri Göran Persson arvosteli Suomen ottavan vain ”joitakin kymmeniä” Kosovon pakolaisia vastaan.
– Me emme ota mitään määräyksiä yksittäisiltä jäsenmailta, vastasi hallitusneuvotteluja vetävä Paavo Lipponen.
Kriisi johti Kosovon itsenäistymiseen, mitä Venäjä ei ole antanut vieläkään ”lännelle” anteeksi. Sotarikoksista syytetty Jugoslavian presidentti Slobodan Milosevic kuoli kesken oikeusprosessin Haagissa.